In 1880 stichtten Fokke Bakker (1842-1904) en Arjen Timmenga (1854-1920) een nieuwe orgelmakerij in Leeuwarden. Naast de orgelmakerijen van Adema, Van Dam en Hardorff was hun nieuwe bedrijf de vierde orgelmakerij in de Friese hoofdstad.

Fokke Bakker kreeg zijn opleiding in de werkplaats van Willem Hardorff. Arjen Timmenga kwam uit Easterein (Oosterend), waar Hardorff in 1870 een nieuw orgel bouwde. Het verhaal gaat, dat enkele medewerkers van Hardorff toen gemobiliseerd waren in verband met de spanningen rond de Frans-Duitse oorlog, waarop Timmenga, als 'invaller' bij het orgelmaken betrokken raakte. Arjen Timmenga heeft verder opleiding genoten in de bedrijven van Adema en Flaes in resp. Leeuwarden en Amsterdam.

Fokke Bakker heeft voorafgaand aan het compagnonschap met Timmenga een paar jaar alleen gewerkt. Hij was doopsgezind en verwierf in 1877 schriftelijke aanbevelingen van de doopsgezinde kerkenraad van Leeuwarden en van de organist van de doopsgezinde kerk van Leeuwarden, H. van Belkum. Vermeld werd dat vanaf dat moment het onderhoud van het orgel in hun kerkgebouw aan Bakker was opgedragen. Fokke Bakker fungeerde bovendien als tweede organist in zijn eigen kerk. Zijn eerste werk was de overplaatsing van een éénklaviers orgel uit de kerk van Bayum naar de gereformeerde kerk van Hallum, uitgevoerd in 1877. In 1879 leverde hij een nieuwe balg voor het orgel van Marrum.

Op 18 december 1880 werd de vennootschap onder de naam Bakker & Timmenga formeel aangegaan. Het eerste orgel van de beide compagnons was toen al klaar. Het werd op 20 juni l880 'plegtig ingewijd' in de kerk van Westernijkerk. Later in 1880 werd een omvangrijke restauratie van het Van Damorgel in de hervormde kerk van Burgum uitgevoerd. Vestiging van het bedrijf was in de eerste jaren aan de Bollemansteeg. Enige jaren later - wanneer precies is niet bekend - verhuisde het bedrijf naar de Bagijnestraat, nummer 45. Sinds 1913 is het bedrijf gezeteld aan de Kleine Kerkstraat 25.

In 1881 deden de kersverse vennoten mee met een nationale wedstrijd voor de Vereeniging Nijverheid en ontvingen een onderscheiding en een bronzen medaille voor een nieuw gemaakte piano. Het is echter bij dit exemplaar gebleven. De piano is - ondanks diverse zoektochten - vermoedelijk verloren gegaan. Het is mogelijk dat de bronzen medaille nog bij nazaten van Bernard Timmenga aanwezig is.

De aanbevelingen vanuit de eigen doopsgezinde gemeente hielpen de beide jonge orgelmakers goed op weg. Onder de elf eerste orgels, gebouwd in de jaren 1880 tot en met 1885, bevinden zich vijf orgels in doopsgezinde kerken in Friesland. Later zouden er nog meer volgen.

Hoewel het zwaartepunt van hun werk altijd in Friesland heeft gelegen, bouwden de orgelmakers Bakker & Timmenga al vrij snel contacten buiten de provincie op. De eerste levering buiten Friesland vond al in 1884 plaats en in 1892 werd in de gereformeerde Westerkerk te Rotterdam het grootste orgel in hun oeuvre tot stand gebracht, een tweeklaviers werk met vrij pedaal en 27 registers, dat helaas bij het bombardement in 1940 verloren ging.

Het werk van de firma Bakker & Timmenga is zeer toegankelijk voor onderzoek en bestudering. Van het bedrijfsarchief bleven bestekken en frontontwerpen goed bewaard, terwijl daarnaast de financiële administratie betreffende leveringen en onderhoud enerzijds, en toeleveranciers anderzijds, nog aanwezig is. Bovendien is het merendeel van de in totaal 175 geleverde orgels nog aanwezig. Slechts 15 orgels uit dit bestand zijn verloren gegaan. In de 80 jaar dat de firma Bakker & Timmenga als familiebedrijf heeft bestaan, kunnen drie perioden worden onderscheiden. Ze vallen samen met belangrijke gebeurtenissen in de persoonlijke levenssfeer. Het compagnonschap tussen Fokke Bakker en Arjen Timmenga werd op 17 december 1901 ontbonden. In de boeken is dat op elke pagina ook goed zichtbaar gemaakt. Korte tijd later, op 31 juli 1904, overlijdt Bakker. Arjen Timmenga zet dan het bedrijf voort en vormt in juli 1919 een compagnonschap met zijn zoon Bernard Timmenga (1889-1972). Na het overlijden van Arjen Timmenga op 16 november 1920 leidt Bernard Timmenga het bedrijf tot 1960, het jaar waarin het werd overgenomen door twee nieuwe firmanten, W. Yedema en H.P. Dam.

Het werk van de orgelmakers Bakker & Timmenga sluit nauw aan bij de reeds in Friesland aanwezig rijke orgelbouwtraditie. Deze werd al vanaf 1780 door familiebedrijven gevormd en in stand gehouden. Het is tekenend, dat in Friesland op detailniveau wel oog was voor nieuwe ontwikkelingen in de orgelbouw, al of niet overgewaaid uit buitenlandse informatie, maar dat in grote lijnen de ambachtelijke traditie het zeer lang heeft uitgehouden. Het werk van Bakker & Timmenga stoelt daarbij vooral op de ideeën van twee van hun leermeesters: Willem Hardorff en de Gebroeders Adema. Op hun beurt hadden deze orgelmakers ook weer elementen uit het werk van de orgelmakers Van Dam overgenomen. Op deze wijze is de gehele 19e eeuwse Friese orgelbouw met elkaar verweven.

Hoewel de kleine orgels in het oeuvre van Bakker & Timmenga in de meerderheid zijn, moet het werk van deze twee Friese orgelmakers van groot belang worden geacht. In de tachtig jaar van hun bestaan als familiebedrijf hebben zij het ambacht in stand gehouden, tegen alle moderniseringsdrang om hen heen in. Halverwege hun bestaan was de firma temidden van de moderne fabrieksmatige orgelbouw een anachronisme geworden. Uiteindelijk heeft de goedkopere massaproduktie dit laatste op de 19e eeuwse traditie gestoelde bedrijf in economisch opzicht voorbijgestreefd.

De al eerder genoemde overname door twee jonge orgelmakers in 1960 heeft echter een nieuwe periode doen aanbreken. Harm Pieter Dam en Wopke Yedema, beiden werkzaam bij Orgelmakerij Mense Ruiter te Groningen, nemen het bedrijf over van Bernard Timmenga.

Er is op dat moment nog maar één werknemer aan het bedrijf verbonden. Deze Sjoerd van Dyk zal nog tot in de 70-er jaren bij het bedrijf werken, waardoor er veel mondelinge informatie over het reilen en zeilen van de orgelmakerij uit het begin van de 20e eeuw is doorgegeven.

Hij wist zich te herinneren dat de frontpijpen van het Bader-orgel van Dronrijp (1657) bij de restauratie van 1917 vanuit het orgel rechtstreeks naar beneden werden gegooid, omdat deze toch zouden worden vervangen. In de jaren 2000-2002 werd dit orgel weer geheel gereconstrueerd, waarbij de frontpijpen weer in de Baders-faktuur werden gemaakt.

In de periode van 1960 tot 1983 werden ca. 20 nieuwe orgels gemaakt. Het mechanische sleepsysteem wat in 1973 werd toegepast in het nieuwe orgel voor de Kurioskerk te Leeuwarden, een éénwerkswindlade met twee klavieren, werd voor deze tijd revolutionair geacht. Het idee wordt door diverse nederlandse en buitenlandse orgelmakers nog tot op de dag van vandaag gebruikt. Na 1983 legde het bedrijf zich voornamelijk toe op restauratie van mechanische pijporgels. De nieuwbouw vind heden ten dage plaats in de vorm van reconstructies, waarbij er steeds delen van orgels aanwezig zijn en het ontbrekende gedeelte in de oorspronkelijke stijl, vaak naar nog bestaande voorbeelden, worden bijgemaakt.

Nadat Dam wegens ziekte in 1985 het bedrijf verliet, werd de leiding gevoerd door Wopke Yedema en Bert Yedema. Deze laatste nam op 1 mei 1991 het bedrijf over en is tot op heden de directeur-eigenaar.

Op dit moment is het bedrijf de enige orgelmakerij in de provincie Friesland die restauratiewerk uitvoert aan monumentale kerkorgels. Er zijn in totaal zes mensen in het bedrijf werkzaam. Het werkgebied strekt zich voornamelijk uit over de noordelijke provincies. Naast restauraties en reconstructies wordt ook veel stem- en onderhoudswerk uitgevoerd en worden orgels overgeplaatst.